食用菌深加工包括改进食用菌保鲜技术，利用原料加工成速食食品，提取食用菌的有效成分，加工成人们生活中所需的药品、保健食品等。
食用菌多用于干鲜菇、罐头和盐渍的加工，但现在食用菌的深加工也越来越风靡市场，可以说，没有深加工的发展，就没有食用菌的发展。
知名食用菌企业福建绿宝集团，经过食用菌深加工业务的发展，实现建设中的全产业链接科技园，多样化食用菌深加工产品种类、提高食用菌市场价值，是食用菌深加工行业的典范。

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